您所在的位置: 首页 > 正文 学术前沿
    LTM-TCM:在分子和表型水平上将中医与现代医学联系起来的综合数据库
    发布者: 来源:  日期:2022-04-14 21:20:05

    受益于网络药理学的发展,中医药(TCM)在现代药物发现中显示出巨大的潜力。近年来,越来越多的中医药相关数据库建立起来,用于学术和行业研究,但在数据标准化、完整性和精确性方面仍存在不足。为了更好地加快中医药研究,克服这些不足,作者所在团队搭建了一个基于网络的中医药平台LTM-TCM,它是目前最全面的中医药数据库,具有以下优点:(1)整合了来自14个中医药权威的高质量集成数据库,特别是附加手册收集了41025条临床治疗记录和213本中国古代医学书籍。(2)在超过3000万篇文章中,应用内部生物医学自然语言处理(BioNLP)方法准确校正多源中药相互作用(症状、处方、草药、成分和目标之间)。(3)多样化的跨领域管道(如生物活性成分筛选、靶点预测、机制预测等)有助于在分子水平和表型水平上将传统医学与现代科学相结合。

    综上所述,LTM-TCM包含1928个症状、48126个方剂、9122种植物、34967种成分、13109个靶点和1170133个中药相关成分之间的相互作用。LTM-TCM有中英文界面,可在http://cloud.tasly.com/#/tcm/home访问。

    1.数据库简介

    数据库主页如下:

    本网站包含了中医证候,中医方剂,中药材,有效成分,和心血管疾病特色药物共五大类查询检索功能。同时还提供两条线上化合物分析管线:化合物反向对接预测分析(Inverse Virtual Screening, IVS)和药代ADME(药物吸收、分布、代谢及排泄)在线预测。

    网站主入口为http://cloud.tasly.com,选择“生物大数据平台”>“中药数据库”>“点击查看”,即可进入中药数据库。网站分为两种检索模式“模糊查询”和“精确查询”,前者可以查询包含检索词的所有相关数据条目,后者查询严格匹配检索词的数据条目,从结果来看,前者总是包含后者的查询匹配结果。

    数据库结构图

    2.网站特色功能

    2.1双语支持

    本网站提供中英文双语的国际化支持,可点击语言按钮进行切换。

    2.2结果目录导航

    由于网站内容丰富多样,为了方便用户查询,本网站设计了结果目录导航定位功能。用户在点击“搜索”按钮后,页面上方会固定出现结果目录,用户可以点击目录进行导航。

    2.3精准与模糊查询双重检索

    中药材的名称包括汉字名称,拼音名称,英文名称和拉丁名称,用户在搜索时可以输入不同的名称进行检索,均可以检索到要查找的检索结果。当用户不确定要检索中药材全称时,本网站提供模糊查询和精确查询双重检索模式。“模糊查询”模式可以匹配到包含检索词的所有结果,“精确查询”模式输出严格匹配检索词的结果。

    2.4靶点功能富集分析

    靶点功能富集分析,是对靶点基因集合所参与的重要生物学功能(信号通路)的统计学分析。本网站富集分析的背景数据库包含330条KEGG信号通路,富集分析采用超几何分布假设检验,并经过多重假设检验矫正得到修正p值,这里采用0.05筛选,可视化展示取前10条信号通路。通过对方剂,植物或成分的靶点功能富集分析,可以预测这些方剂,植物或成分的靶点基因参与的重要生物学过程或疾病通路。

    2.5提供知识图谱功能

    知识图谱是包含的“实体”(节点)和“关系”(边)的网络图形,在本网站中“实体”指的是证候、方剂、药材(植物)和成分等对象,而“关系”指的是与这些实体之间可能存在的包含、存在于、适用于和靶向等类型的关系。例如,中药方剂的核心知识图谱,包含的实体有证候、方剂和植物,包含的关系是方剂适用的证候,方剂包含的植物。

    2.6支持本地下载

    由于部分表格数量比较大,为了便于用户查询分析,本网站提供了表格数据的下载功能。用户点击表格右上侧的“下载列表到本地”即可下载数据。

    2.7心血管疾病特色库

    本网站涵盖了包括心血管疾病及相关适应症全球范围约2万种化药,生物药及中成药药物信息(覆盖:研发单位,靶点,临床进展等),并提供相应的查询功能。这些数据收集自全球范围的8个权威数据库。

    2.8成分IVS/ADME分析

    化合物反向对接(IVS),是基于化合物和蛋白的结构以及其他理化属性进行计算预测打分,得到化合物可能作用的潜在靶点的方法。反向对接可用于发现现有药物和天然化合物的新靶点、解释药物的分子机制和药物重新定位找到药物的替代适应症,以及检测药物不良反应和药物毒性。本网站提供化合物在线分析功能,点击“分析中心”按钮进入分析页面,输入化合物CID或者SDF文件即可进行分析。成分在人体的吸收、分布、代谢及排泄预测(ADME),是基于已发表的在线分析工具,用户可以在“分析中心”输入化合物CID提交预测分析。

    上一篇:癌症中的胱氨酸转运体SLC7A11/xCT:铁死亡、营养依赖和癌症治疗

    下一篇:P21通过干扰病毒聚合酶复合体和上调I型干扰素表达来抑制甲型流感病毒复制